在核酸分子中，碱基配对方式主要有两种，分别介绍如下： DNA中的碱基配对： DNA 是由两条反向平行的脱氧核苷酸链组成双螺旋结构。
在DNA中，存在腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）、胸腺嘧啶（T）四种碱基。
碱基配对遵循严格的规则，腺嘌呤（A）与胸腺嘧啶（T）通过两个氢键相连进行配对，鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）通过三个氢键相连进行配对 ，这种配对方式称为互补配对原则。
这是由碱基的化学结构和空间结构所决定的，保证了DNA复制过程遗传信息传递的准确性。
例如亲代DNA分子的一条链上碱基排列顺序是 ATGC，按照碱基互补配对原则，另一条链的碱基顺序就是TACG。
RNA中的碱基配对： RNA通常是单链结构，但在一些特殊情况下（如tRNA形成三叶草结构、某些病毒RNA等）也会发生碱基配对。
RNA中的碱基有腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）、尿嘧啶（U）。
在RNA中，腺嘌呤（A）与尿嘧啶（U）通过两个氢键相连配对，鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）的配对方式和DNA中一样，也是通过三个氢键相连。
比如在转录过程中，以DNA的一条链为模板合成mRNA时，DNA模板链上的腺嘌呤（A）对应mRNA上的尿嘧啶（U），DNA模板链上的胸腺嘧啶（T）对应mRNA上的腺嘌呤（A），DNA模板链上的鸟嘌呤（G）对应mRNA上的胞嘧啶（C），DNA模板链上的胞嘧啶（C）对应mRNA上的鸟嘌呤（G）。