在无氧条件下，有氧呼吸第二阶段不能进行，原因主要在于以下两个关键方面：
物质循环角度
有氧呼吸第二阶段是丙酮酸和水彻底分解成二氧化碳和[H]，并释放少量能量的过程。此过程需要第一阶段产生的丙酮酸作为原料 。而有氧呼吸第一阶段葡萄糖分解成丙酮酸和少量[H]的过程虽然不需要氧气直接参与，但后续反应是紧密相连的一个整体。在无氧条件下，细胞会进行无氧呼吸，此时第一阶段产生的丙酮酸会走向无氧呼吸的途径，比如在酵母菌细胞中，丙酮酸会在酶的作用下转化为酒精和二氧化碳；在人体肌肉细胞中，丙酮酸会转化为乳酸。这样一来，没有足够的丙酮酸持续供应给有氧呼吸第二阶段，导致该阶段无法正常开展。
能量传递与再生角度
有氧呼吸第二阶段的顺利进行还依赖于后续有氧呼吸第三阶段提供的能量和物质循环。有氧呼吸第三阶段是前两个阶段产生的[H]与氧气结合生成水，并释放大量能量的过程。这个过程产生的能量一部分用于合成ATP供能，另一部分维持细胞内一系列化学反应的有序进行。同时，第三阶段消耗[H]又促使前两个阶段不断产生[H]，形成一个完整的物质和能量循环体系。在无氧条件下，有氧呼吸第三阶段因缺乏氧气无法进行，这就切断了能量供应和物质循环的关键环节。没有第三阶段提供能量和维持物质循环，有氧呼吸第二阶段也失去了继续进行的动力和条件，从而无法进行 。