对此有业内人士提出质疑称：既然Lallemand集团已经表示在益生菌业务上采用B2B（指Lalemand集团生产、合生元公司推广和销售）的发展模式，为何还要多此一举，成立一个名为法国合生元的合资公司呢？
包装微调之谜
在2009年12月，合生元冲剂曾进行过一次包装的微调。根据有关规定，其产品由“合生元儿童益生菌冲剂”更名为“合生元牌益生菌冲剂（儿童型）”，在更名的同时，其包装的细节也悄然发生了变化。记者发现，在此前包装的合生元儿童益生菌冲剂中，包装下标注着“法国进口（ProductofFrance）”的字样；但现在，合生元冲剂的最新包装已经改为“法国进口益生菌粉”。
在2005年引起网络巨大反响的帖子里，该帖作者透露曾给Lallemand公司致电，结果公司方面表示其只为合生元公司生产袋装菌种。而事后，Lallemand集团又在新闻发布会上澄清，合生元冲剂是在法国圣西蒙的GMP工厂生产并出口到中国的。
分析人士认为，既然当年Lallemand公司极力进行澄清，表示出口到中国的是益生菌冲剂成品，那合生元公司为何又在今日将产品的外包装上进行上述调整呢？此外，法国合生元投2000万元巨资在广州兴建的新厂房已于2008年通过了国家GMP认证，为何还需要进口？以上疑点仍令人费解。
