一般认为，汉武帝派贰师将军李广利率三万骑兵出酒泉抗击匈奴，同时又派李陵率五千步兵，策应李广利。当李陵率兵深入匈奴后，却遇上匈奴的主力，尽管李陵带领将士奋力抗战，终因寡不敌众，被俘而降。消息传到长安，汉武帝十分恼火，满朝文武官员趋炎附势，附和汉武帝指责李陵的罪过。但是，司马迁却站出来替李陵辩解，这就冒犯了汉武帝的龙颜，由此被投入监狱，受了腐刑。
但是还有的人认为：司马迁遭受腐刑的原因主要有三，一是“沮贰师”，即诋毁汉武帝的宠臣李广利。二是“诬上”，司马迁极力为李陵的失败辩解，那么失败的责任在谁呢?显然是归咎于汉武帝。因为汉武帝给李陵的兵力太少，且又都是步兵。当李陵陷于困境时，又无得力的将领去接应，从而导致孤军无援，兵败而降。三是“为李陵游说”，即为李陵投降变节开脱罪责，甚至说好话。简言之，“诬上”是司马迁遭受腐刑的主要原因，“沮贰师”是借口，“为李陵游说”是导火线。