非营利性医院（医疗机构）的意思是指为社会公众利益服务而设立运营的医疗机构，不以营利为目的，其收入用于弥补医疗服务成本。非营利性医疗机构一般具有自己的特色或擅长科室，协助政府办执行社会医疗职能。
非洎頭樤营利性医疗机构指为社会公众利益服务而设立运营的医疗机构，不以营利为目的，其收入用于弥补医疗服务成本。（《中国卫生统计年鉴》定义）
目录
1政策2性质区别税收政策
问题3税务部门4区别对比
政策
对社会资本举办非营利性医疗机构，可享受与公立医疗机构同样的税收优惠政策：一是对其按照国家规定价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。二是对其取得的非医疗服务收入直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。三是对其自产自用的制剂，免征增值税。四是对其自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。五是鼓励对社会资本举办的非营利性医疗机构进行捐赠，符合税收法律法规规定的可享受相关税收优惠政策。
卫生部为促进非公立医疗机构持续健康发展，允许社会资本按照经营目的，自主申办营利性或非营利性医疗机构。另2000年卫生部、国家中医药管理局、财政部、国家计委联合印发的《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》中“城镇个体诊所、股份制、股份合作制和中外合资合作医疗机构一般定为营利性医疗机构”规定不再适用。[1]
性质区别
1、经营目标不同
营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化；非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
2、分配方式不同
营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
3、处置财产方式不同
营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产；而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。
4、收支结余的用途不同
营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。
徠洎頭樤5、是否享受财产补贴
政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。
6、价格标准不同
营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格.，非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。
税收政策
根据财政部、国家税务总局《关于医疗、卫生机构有关税收政策的通知》(财税<2 O O O>4 2 号)，对营利性医疗机构有关政策是：该机构取得的收入应按规定征收各种税收。为了支持营利性医疗机构自身的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，可自取得执业登记之日起，三年内给予以下优惠政策：对其取得的医疗收入免征营业税；对其自用的房产土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。
对非营利性医疗机构的政策是：(1)按照国家规定取得的医疗收入免征各种税收，不按照国家规定价格取得的收入，不得享受这项政策。(2)从事非医疗服务取得的收入，应按照规定征收各种税收。(3)非营利性医疗机构将取得的医疗服务收入，直接用于改善医疗条件的部分，经税务部门批准，可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税;(4)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。
问题
现在，在规范营利性和非营利性医疗机构还存在着一些值得注意的问题。有许多个体诊所，承担了很少量妇幼保健防疫业务，便打着村卫生室的牌子，认为自己就是非营利性医疗机构，就要享受相应的税收优惠。
村级卫生组织是农村社会公益机构，是三级医疗预防保健网的基础。主要职能是：实施计划免疫、妇女、儿童保健业务服务，传染病和地方病防治、开展农民常见病、多发病诊治和危重病人就医指导，承担农村合作医疗保健制度的卫生服务。在本行政村区域内，原则上设置一个卫生室，并接受当地卫生行政部门和村委员领导，接受乡镇卫生院业务监督和指导，各项业务收入和经济往来由集体管理，收入不归自己所有，是一个非营利性医疗机构。
而那些假“卫生室”往往是个人出资兴办，以营利赚钱为目的，收支结余不是扩大医疗规模，改善医疗条件，归个人消费使用。提供的医疗、服务价格不是按照政府主管部门制订基准价，而是以市场调节价，自主订价的，不享受同级财政补贴，不受本行政区域内村委会领导，和当地乡镇卫生院业务监督和指导，根本不符合非营利性医疗机构条件。对这种钻政策空子的行为，可定性为偷税，应予以严厉查处。
税务部门
税务部门应加强与医疗卫生部门的信息沟通，对于符合非营利性机构条件的单位和个人，由卫生管理部门认定，税务部门与卫生部门联合下文。
对所有非营利性医疗机构，要应按照行政事业单位会计核算要求，设立帐薄，要编制内容完整，数字真实，计算准确的会计报告，以便于卫生管理部门、税务部门监督。对于村卫生室实行由乡防保所财务统管，坚持“以乡统管，分村核算，盈亏归室”基本原则。防保所按规定设置会计账薄，以村为单位，设置明细帐，及时办理会计事项，编制会计报告，上报卫生部门。对于已认定为非营利性医疗机构，只要不符合条件者，税务部门应提请卫生管理部门取消其资格，恢复为营利性医疗机构，按有关规定征收税款。
只有这样才能杜绝在认定非营利性医疗机构过程中出现弄虚作假问题，防止个体诊所借“村卫生室”之名，逃避纳税，保证国家税款不会流失。
总之，只有真正区分营利性与非营利性医疗机构，才能堵塞我们工作中的漏洞，做到应收尽收，保证国家税款及时足额入库，使我们的税源管理走上科学化轨道。
2011年以来，国家对营利性医疗机构无证照经营的查处行为由原来的工商行政管理部门改为卫生行政主管部门处罚。
区别对比
我国医疗机构一般分为政府办、非营利性医疗机构、营利性医疗机构。
政府办一般为综合性医院，承担主要的社会医疗职能。非营利性医疗机构一般具有自己特色或擅长科室，协助政府办执行社会医疗职能。营利性医疗机构一般环境、服务比较好，但是收费高，大多扰乱医疗市场，欺骗患者的都属于这类医院。
我国的医疗机构一般分为政府办、非营利性医疗机构、营利性医疗机构。政府办一般为综合性医院，承担主要的社会医疗职能。非营利性医疗机构一般具有自己特色或擅长科室，协助政府办执行社会医疗职能。营利性医疗机构一般环境、服务比较好，但是收费高。
非营利性医疗机构与营利性医疗机构的区别：
经营目标不同：营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化。非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
分配方式不同：营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红。非营利性医疗机构可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
处置财产方式不同：营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产。非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。