原因一：慢性输卵管炎
慢性输卵管炎可使输卵管粘膜皱襞粘连，导致管腔狭窄，粘膜破坏，上皮纤毛缺失，输卵管周围粘连，管形扭曲，以上情况影响孕卵在输卵管的正常运行和通过，是造成输卵管妊娠的主要原因。
原因二：输卵管发育或功能异常
输卵管发育异常如输卵管过长、肌层发育不良、粘膜纤毛缺如、双管输卵管、额外伞部等，均可成为输卵管妊娠的原因。输卵管的生理功能复杂，输卵管壁的蠕动、纤毛活动以及上皮细胞的分泌均受雌、孕激素的调节，如两种激素之间平衡失调，将会影响孕卵的运送而发生输卵管妊娠。
原因三：输卵管手术后
输卵管绝育术不论采用结扎、电凝或环套法，如形成输卵管瘘管或再通，均有导致输卵管妊娠的可能。输卵管绝育后复通术或输卵管成形术，亦可因疤痕使管腔狭窄、通畅不良而致病。
原因四：盆腔子宫内膜异位症
子宫内膜异位症引起的输卵管妊娠主要由于机械因素所致。此外，异位于盆腔的子宫内膜，对孕卵可能有趋化作用，促使其在宫腔外着床。