出生时，结肠内根本是没有细菌的。如果自然分娩，婴儿将从母亲那获得肠道菌群——阴dao周围的“有益”细菌。而剖宫产的婴儿获益生菌少，有潜在危害的细菌较多。另外婴儿与母亲亲密接触也是非常重要的，用母乳喂养同样有好处，孩子可在嘴与乳头的接触中获得有益细菌，母乳是完美的肠道菌群培养基地，而婴儿当然是母亲的细菌直接继承人。一般出生时顺产、从小吃母乳的婴儿，可以从母亲那里获得各种平衡的益生菌。
如果从出生就和妈妈隔离的婴儿 ，没能从妈妈身上得到足够的益生菌，就难以抵抗病菌的侵害。出生后一直与妈妈在一起的婴儿就不容易染病，这是因为妈妈在自然分娩中及与孩子接触时，身体中的益生菌就会传到婴儿的肠道内，益生菌迅速繁殖，并在肠道表面形成益生菌占优势保护菌膜，有效地抵御有害菌的感染，这种现象正如庄稼茂盛的土地上杂草难生一样。
有研究证明，在婴幼儿时期不断接触微生物有助于提高成年后免疫系统的健康和应变能力。顺产母乳喂养的婴儿会自然地置身于那些对健康有益的细菌中，并获得多种源自于母体的微生物。而剖宫产的婴儿和非母乳喂养的婴儿则不能从妈妈那儿得到足够的益生菌源，肠道菌群不健全，可能会出现体质弱、食欲不振、大便干燥等现象，所以要注意补充含有益生菌的营养品。
母乳使婴儿肠内产生帮助消化的益生菌，因而母乳易于消化；而吃奶粉则产生较少益生菌，因而奶粉不易于消化。母乳喂养的婴儿很少便秘，即使两三天不大便，排出来的粪便也还是软的，奶粉喂养的婴儿却常常有便秘之苦，而且大便是硬的，排泄十分痛苦。
母亲是最好的益生菌来源，人工喂养的婴儿患病率是母乳喂养的婴儿的2.5~3倍，母乳喂养的婴儿肠道内双歧杆菌的量是人工喂养的婴儿 的10倍。母乳中含有益生元可以刺激胎儿结肠中双歧杆菌的成长。
因此，从婴儿时期开始，就应该打造一个完善平衡的肠道菌谱，并且克服各种内外环境的因素，悉心维持菌群平衡，可以一生受益。
