医学上根据药物对胎儿的毒性作用，将其分成5大类。其中A类和B类药物，对胎儿未见有明显的的致畸和毒性作用，属于这类的药物有维生素B族、维生素C、叶酸、维生素E、一些常用的抗生素如青霉素类、先锋霉素类、红霉素类药膏等、以及对乙酰氨基酚类的退热药如“百服宁”、泰诺林等等；C类药物，经动物实验证实对胎儿有一定的致畸作用，但在人类因为无对照试验。
在怀孕期间应该谨慎使用的，属于这类的药物有很多，如雷米封、利福平、庆大霉素、心律平以及阿斯匹林等等；D类和X类药物，在动物实验和人类均有明确的致畸作用，这类药物尤其是X类药物，在怀孕期间应绝对忌用，属于这类药物的有抗肿瘤药、性激素类药物或避孕药、以及某些抗生素如四环素、链霉素、卡那霉素等。当然，药物对胎儿的致畸或毒性作用，除了药物本身的毒性作用外，还与用药时的怀孕天数和用药的剂量及持续用药的时间有关。
一般来说，受精卵形成后的最初2周，医学上称为“胚囊期”，此期主要是细胞处于分裂和增殖期。在此期间受到毒性物质如药物的影响，往往引起胚囊的死亡，导致流产。从怀孕后4周（从末次月经的第一天算起），胚胎开始进入器官分化形成阶段，至怀孕第12周，胚胎的器官分化基本完成，如在此期间药物以及不良环境因素等往往可造成胎儿的畸形。怀孕12周以后，受药物或其他不良因素的影响，主要是引起胎儿生理功能的异常。此外，怀孕期间使用药物的剂量和用药持续的时间亦是影响胎儿的重要因素。
在妊娠中可使用的抗生素为青霉素类、红霉素及林可霉素。许多抗生素均对胎儿有害，常见的有：四环素、强力霉素可影响骨骼的纵向生长，先天性肢体畸形，牙齿棕黄色（四环素牙），牙齿发育不良；链霉素、庆大霉素及卡那霉素可致先天性耳聋，肾脏损害；万古霉素亦可致耳聋及肾损害；氯霉素抑制骨髓机能。
