相对于自然分娩，手术有着无法忽视的后遗症，最表象的就是腹壁明显的手术瘢痕。有的人会以为现在手术都不需要拆线了，可能就没有瘢痕了或者短时间内瘢痕不显着。其实瘢痕是否产生与体质有很大的关系。瘢痕在伤口愈合的过程的渐渐产生，突出皮肤表面，发红质硬，且常有瘙痒的感觉。这多是因为伴随血管和神经的长入，神经的一种过度敏感现象。随着瘢痕的软化，切口周围的组织日益接近正常，这种不适也会慢慢消失的。
还有诸如腹壁和腹腔内的粘连会增加再次手术的困难，肠管运行的通畅引发肠梗阻等;子宫上的瘢痕在下次妊娠时有破裂的可能;瘢痕子宫的人工流产术时子宫穿孔的风险也比正常子宫大。
剖宫产的新生儿因为没有经过产道的挤压，肺内多量的液体残留会导致湿肺，并易患肺部感染。而且现有多量的资料表明，剖宫产儿易出现统合失调及易患多动症。因此有的孕妇认为手术对孩子有好处的观点也是不正确的。
总之，伤害最小的分娩方式应是自然的、生理的分娩方式。人类有着精细调控的分娩过程，再有不断完善的手术，共同为“母亲安全、儿童健康”保驾护航。