1. 急性腹泻的后遗症
慢性腹泻可能由于上述的急性腹泻没有彻底治癒，或是急性腹泻造成肠道的伤害引起的。严重的肠炎可能使肠黏膜受损，功能变差，造成吸收不良。慢性腹泻也可能因为抗生素的使用，改变了大肠内细菌的种类，有益的细菌减少，不良的细菌产生了抗药性而大量繁殖，因此肠炎一直好不了。
2. 乳糖不耐
乳制品是营养丰富的食物，含有蛋白质、脂肪及糖类。乳製品中的糖类主要是乳糖，其消化是靠一种称为乳糖消化酵素，缺少这种酵素就无法消化乳糖。乳糖消化酵素是从小肠黏膜的细胞製造的，可把食物中的乳糖分解成较小的分子以利吸收。一般而言，较大儿童及成人不是经常喝奶的话，通常都缺少这酵素。急性肠炎时因肠黏膜受伤，也会出现酵素的缺乏(所以拉肚子时医生会告知暂停喝奶)。缺乏酵素的人的症状轻重不一，包括恶心、腹绞痛、涨气及腹泻，通常是在服用含乳糖食品后三十分到两小时发生，这种症状称为乳糖不耐。人、牛、羊等不同的奶都有乳糖，所以乳糖不耐的人改喝其他种类的乳品也会出现症状。目前乳糖不耐没有好的治疗方法，只能避免或改吃低乳糖的食品。乳糖不耐与奶蛋白过敏不同，后者是免疫方面的问题，除了腹泻、肠绞痛、呕吐等，还可能有皮肤疹、气喘等症状。
3. 其他慢性疾病
有些疾病会造成消化及吸收不良，因为食物中的营养如果没有被吸收，到了大肠，因浓度高会刺激大肠;大肠中过多的营养使细菌数目增加，造成肠炎;营养经细菌发酵，产生臭气，所以大便很臭，也会放很多屁。
知道了小儿腹泻的常见原因后，治疗时就知道必须针对不同的病因进行处理，这样才能收到预期的效果。
