1. 病毒性胃肠炎
这是婴幼儿常见的腹泻原因。病毒是比细菌还要小的微生物，伤风感冒都是病毒引起的。一般的抗生素不能杀死病毒。引起腹泻常见的病毒是轮状病毒，还有很多其他病毒会引起胃肠炎。轮状病毒可以检查血液中抗体来确定感染，但有有些病毒是很难诊断的。病毒引起的胃肠炎除了腹泻外还会合併发烧，腹痛、呕吐等症状。目前没有针对病毒性胃肠炎的特效药，治疗通常是给予足够的水份及电解质，避免小朋友脱水及电解质不平衡，并以药物减少呕吐及腹泻等的症状治疗。病情大约要一至两周的时间才康复。 有些病人在症状消失后还会传染他人。
2. 细菌性肠炎
细菌性肠炎的症状通常比病毒性的严重，有时称为下痢，大便有时含血、有黏液，常有发烧、腹绞痛及失去食欲。引起下痢的细菌如痢疾杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、霍乱弧菌等等，常会造成严重的病症，尤其在抵抗力不佳的儿童。大便的检查及细菌培养可以找到致病的菌种，但如曾用抗生素，可能会影响培养的结果。有时因某些疾病使用广泛性的抗生素治疗，使用时间太长会改变大肠内的菌种，使某些细菌大量增加而造成肠炎。细菌性肠炎可用适当的抗生素治疗，但有些感染，抗生素并没有好处，反而使细菌潜伏在体内变成带菌者。
