摩尼教的问题是在教义本身上。
作为世界性宗教，本身就具备扩张和依附能力，单纯从政治投机失败来解释，说服力不大。且不提伊斯兰教这种政教合一的特例；基督教在君士坦丁改宗前，被无数的统治者镇压与杀戮过；佛教在自己的发源地印度被取代后，依然传播遍整个东亚与南亚；所以，没有理由证明摩尼教不能继续传播。
原始宗教的起源，大多是部落巫师祭司将本族群的神话规则化的产物。而世界性的宗教，则一定是创始人个人思考与实践智慧的总结，是对已有原始宗教的改造与提炼。基督教源自犹太教，佛教源自婆罗门教，伊斯兰教则吸收犹太教、基督教与原始宗教的教义，这些宗教的教义中都深深刻入了创始人的痕迹。
虽是如此，但这些宗教的创始人在世时从未构建好本教的教义与体系。耶稣的主要思想由其门徒记录，真正奠定基督教框架的是保罗；佛陀以口传教义为主，其言行经典是在坐化后，由大迦叶、阿难、优波离召集僧众集结；默罕默德本人是个文盲，其主要以军事和政治领袖领导伊斯兰，包括古兰经在内的经典多在前三个哈里发任内汇编成文。大部分世界性宗教的草创期并不具备严密的宗教体系。
与之不同的是，摩尼教受创始人的影响至深，远胜过基督教、佛教和伊斯兰教。摩尼本人吸收了诺斯替派与佛教的诸多理念，从而创造出的摩尼教义是世界性的宗教中最为完善与严密的，从“二宗三际说”到教内阶层的划分制定，乃至于教规戒律与文化符号，都是摩尼本人一手包办，其更是撰写了摩尼教的大部分经典。
摩尼教的教义过于成熟完备，带来的弊端是显而易见的。一般的世界性宗教，都得经过数代的不懈传教（伊斯兰教是靠武力传教）才能取得相对优势，而在这一过程中，教义与教团组织都在不断地完善与进化中；但由于摩尼本人的天赋太强的缘故，其在世的时候便取得了很高的地位，这就造成摩尼教的教义与结构过于稳定的现象。
这种过于成熟的宗教，给后世留下可改造的空间太小，在面临不同的环境与挑战，很难有新的演化。摩尼教在向外传播时，多借助其他宗教的外壳来解释，从未衍生出适应当地文明的教义，所以很难在别的民族与国家中站稳。而事实上自从摩尼死后，摩尼教的生命力就已经终结。
当然，成熟宗教的优点之一便是高度哲学化。从审美角度来看，摩尼教是世界性宗教中最令人赞赏的一支，所以其往往可以赢得贵族与统治者的青睐，但它过于形而上的教义，也令底层民众难以理解，从而影响了摩尼教在民间的传播能力。而从中国民间的传教结果来看，民众也往往将其当做佛教、祆教的分支，并没有真正的渗透入基层并且本土化。
虽然如此，摩尼教还是以其独特而又完善的教义赢得了无数忠实的信徒，其信徒之虔诚不是其他宗教可以彼及的。许多摩尼教徒在面临屠刀的时候往往选择蹈火殉教，这也无形削弱了摩尼教可能再生的机会。