首先要说明的是，农信社和农业银行虽然都是金融机构，但他们的区别还是很大的，一个是“社”，一个是“行”。
1、组织机构
农村信用合作社(规模较大的可改制为农商行)是指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构，其前身是央行在农村的网点。农信社原来是隶属于农业银行管辖的，其国内的历史最早能追溯到建国之前，国际上最早能追溯到1849年的德国。
直到1996年8月，国务院颁发《关于农村金融体制改革的决定》，明确农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系，对其业务管理和金融监管分别由县联社和中国人民银行承担，然后按合作制原则加以规范。
农信社虽然也是银行类金融机构，但是它是基于合作制的基础上，吸收股份制运作机制组成的股份合作制的社区性地方金融机构，其业务经营是在民主选举的基础上由社员指定人员管理经营，并对社员负责。
农业银行是按照公司治理形式组建的股份制企业，也是四大国有独资商业银行之一，是中国金融体系的重要组成部分。农业银行的前身最早可追溯至1951年成立的农业合作银行。
2、经营模式
很明显，银行这种事属于典型的躺着赚钱的机构，而农信社系统虽然也赚不少，但其更多的负担着支持农村发展的重任。
但农信社与农业银行的级别也不是一个量级的。农信社原先是各社法人，后来变成县联社法人，接着又成立省联社管理全省的农信社、农合银行、农商银行，因此可以算是县联社的上级机构，一般来说为正厅级机构，如果是这样的话，那么农信社差不多就是副厅级。而目前五大国有行包括三大政策行，都属于副部级机构。
另外，农信社只有规模达到一定程度，资本充足率、不良贷款率和呆账准备充足率等指标都符合农村商业银行的标准，报中国银监局审批，同意后，才能进行筹建改制挂牌成为农村商业银行。
不过，农信社全面改组成农商行是大趋势。因为地方政府无法通过股权控制农商行(国有企业成分不可超过10%、政府和融资平台不得入股)，在法人股东比例上升的情况下(县域农商行法人股比例超过35%，市区农商行法人股比例超过50%)，其控制力会不断削弱。
就具体业务来说，农业银行是具有信用创造功能、能向客户提供多种金融服务的综合性金融机构，而农信社功能比较单一，主要资金来源是合作社成员缴纳的股金、留存的公积金和吸收的存款;货款主要用于解决其成员的资金需求。
3、资产规模
别小看农信社，其网点比最多的邮储银行还多。论资产规模的话，如果算上整个农信系统，其资产规模比宇宙行，工商银行还多。官方发布的2015年度农村合作金融机构(包括农村信用社、农村合作银行、农商银行，下同) 共享数据显示，截至2015年末，农村合作金融机构总资产25.81万亿元，而同期工商银行2015年年报显示其总资产为22.21万亿。