《名侦探柯南》是一部超长篇的动漫作品，截至2025年仍在连载中，所以目前并没有真正意义上的大结局 。
以下为你介绍主要角色，并选取具有代表性的剧集进行剧情介绍： 主要角色 江户川柯南：本作主角。
真实身份是高中生侦探工藤新一，被黑衣组织灌下药物后身体变小，化名为江户川柯南，寄住在毛利兰家中，暗中调查黑衣组织。
毛利兰：空手道高手，工藤新一的青梅竹马。
父亲是侦探毛利小五郎，在日常生活中照顾柯南，多次怀疑柯南的身份但被巧妙掩饰过去。
毛利小五郎：曾经是优秀刑警，辞职后成为私家侦探。
性格迷糊、好色，但在涉及家人等关键时刻会展现出惊人的推理能力。
灰原哀：原名宫野志保，曾是黑衣组织成员，代号“雪莉”。
因反抗组织被囚禁，服下和柯南相同的药物身体变小后逃离组织，与柯南等人一起对抗黑衣组织。
服部平次：关西的高中生侦探，剑道高手，与工藤新一齐名，知晓柯南的真实身份，常与柯南一起破案。
部分剧集剧情介绍 第1集 《云霄飞车杀人事件》 高中生侦探工藤新一和青梅竹马毛利兰一同去游乐园玩时，在云霄飞车上遭遇了一起杀人事件。
新一凭借出色的推理能力迅速锁定凶手。
然而，在案件结束后，新一无意间目睹了黑衣组织的可疑交易，被琴酒打晕并灌下了尚未完成的毒药APTX4869，身体因此缩小成了小孩模样。
变小后的新一为了隐藏身份，化名江户川柯南，开始了他一边寻找恢复身体方法，一边解决各类案件的冒险之旅。
第54集 《电玩公司杀人事件》 柯南偶遇黑衣组织成员龙舌兰，龙舌兰在与电玩公司职员交易软件程式时发生爆炸死亡。
通过调查，柯南发现这背后似乎隐藏着黑衣组织更大的阴谋，他们企图通过获取先进的电脑程序来达成不可告人的目的。
这一事件让柯南更加深入地了解到黑衣组织的邪恶计划和危险性，也促使他加快了调查黑衣组织的步伐。
第129集 《来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件》 灰原哀转学来到帝丹小学，成为柯南的同班同学。
她向柯南透露自己是黑衣组织的成员宫野志保，因姐姐宫野明美被组织杀害而背叛组织，服下APTX4869后身体变小。
之后，他们一起卷入了大学教授被杀案件。
在破案过程中，灰原哀展现出冷静的头脑和专业的知识，与柯南默契配合。
同时，这一事件也让灰原哀正式融入了柯南等人的生活，成为对抗黑衣组织的重要力量。
第176 - 178集 《与黑暗组织的再会》 灰原哀被黑衣组织成员皮斯克发现身份，皮斯克将她囚禁在酒窖中。
柯南及时赶到，利用麻醉针和足球腰带救了灰原哀。
在这期间，柯南还与琴酒等人展开了激烈交锋，成功阻止了黑衣组织的暗杀计划。
最后，灰原哀在柯南的帮助下暂时摆脱了黑衣组织的追杀，但这也让黑衣组织更加警惕，双方的斗争愈发激烈。
第309 - 311集 《与黑衣组织的接触》 柯南通过一系列线索发现了黑衣组织与一家电脑公司有关联。
为了深入调查，他和阿笠博士等人潜入该公司。
在公司里，柯南意外得知黑衣组织正在策划一项新的行动，并且与板仓卓开发的软件有关。
然而，柯南的行动引起了黑衣组织的注意，琴酒等人设下陷阱。
关键时刻，柯南凭借智慧和勇气逃脱，并获取了重要情报，进一步了解了黑衣组织的阴谋。
第491 - 504集 《红与黑的碰撞》系列 本系列是柯南剧情中的重要篇章。
黑衣组织为了寻找潜伏在内部的卧底，策划了一系列行动。
FBI搜查官赤井秀一和柯南等人联合起来应对。
水无怜奈作为CIA卧底在黑衣组织中陷入危机，赤井秀一为了让她重新取得黑衣组织信任，上演了一场假死计划。
在这个过程中，各方势力错综复杂，案件接连不断，柯南和赤井秀一等人为了保护水无怜奈以及获取更多黑衣组织情报，与黑衣组织展开了惊心动魄的智谋较量。
第701 - 704集 《漆黑的特快列车》 黑衣组织得知灰原哀会乘坐铃木号特快列车，于是策划了暗杀行动。
神秘列车上，怪盗基德受柯南委托易容成灰原哀，与柯南等人一起应对黑衣组织。
列车上发生了多起离奇案件，各方势力纷纷登场。
有贝尔摩德、波本等黑衣组织成员，还有冲矢昴等神秘人物。
最终，柯南等人成功化解危机，保护了灰原哀，同时也让波本对赤井秀一的“死亡”产生怀疑，进一步推动了主线剧情发展。