《魂斗罗：归来》是一款手游，并没有传统意义上电视剧那样的剧集划分及对应剧情。
不过基于魂斗罗系列世界观可以梳理大致故事线： 主要角色 比尔·雷泽（Bill Rizer）：魂斗罗系列经典主角之一，肌肉发达，作战经验丰富，擅长使用各类重型武器，是对抗邪恶势力的核心人物。
兰斯·比恩（Lance Bean ）：同样是经典主角，与比尔并肩作战，行动敏捷，射击精准，常作为重要火力输出。
露西亚·洛佩兹（Lucia Lopez）：女性角色，具备强大的战斗能力，原是反派组织基因改造人，后弃暗投明加入主角阵营。
整体剧情 游戏设定在未来世界，外星邪恶势力不断入侵地球，企图征服人类并掠夺资源。
比尔·雷泽和兰斯·比恩临危受命，作为超级战士承担起保卫地球的重任。
他们穿梭于世界各地，从热带雨林到冰封极地，从废弃工厂到高科技都市，与各种形态怪异、实力强大的外星怪物展开激烈战斗。
这些怪物有的体型巨大，皮糙肉厚；有的行动敏捷，善于隐蔽偷袭。
在战斗过程中，他们结识了露西亚·洛佩兹。
露西亚原本是邪恶势力通过基因改造制造出来的杀人机器，但在与比尔、兰斯的接触中，逐渐被他们的正义和勇气感染，内心的良知被唤醒，最终选择站在人类这边，共同对抗邪恶。
随着冒险深入，主角们发现外星邪恶势力背后有着更为庞大复杂的阴谋。
原来，这股势力与地球上一些妄图统治世界的野心家相互勾结，企图利用外星科技实现他们不可告人的目的。
主角团一路过关斩将，不断突破敌人防线，捣毁敌人的基地和设施，挫败敌人一次次的进攻计划。
结局 经过艰苦卓绝的战斗，比尔、兰斯和露西亚成功攻入邪恶势力的核心总部。
在这里，他们与邪恶势力的首领展开了一场惊心动魄的最终对决。
经过一番苦战，主角们凭借顽强的意志和精湛的战斗技巧，成功击败首领，彻底瓦解了邪恶势力的阴谋，拯救了地球，让世界重归和平。